人里離れた伊賀の山中、カバ丸は祖父の才蔵に一人前の忍者になるよう鍛えられた。ある日、ひょんなことから才蔵が亡くなり、彼の遺言でカバ丸は、東京の名門校金玉学院の理事長、大久保蘭を訪ねる。蘭はかつて才蔵の恋人で、いまだに思いを断ち切れないでいた。カバ丸は、大久保家から金玉学院に通うことになり、大食、野蛮、不潔の三拍子揃った彼に大久保家は大騒ぎ。番長の白川をやっつけたカバ丸は、ある日生徒会長、目白沈寝に呼び出される。彼は、外見は優等生、裏にまわると鞭の名人で女子学生の憧れの的であり、蘭の孫娘、麻衣もその一人だった。沈寝からライバル王玉学園打倒に協力してくれと頼まれたカバ丸は、好物焼ソバと交換条件で承諾する。王玉学園との剣道大会の日、遅れてきたカバ丸と戦った相手は、伊賀の里で一緒に技を競った霧野疾風で、彼は才蔵の厳しさに逃げだしたのだった。ある日、金玉学院は、体力強化合宿を企画、蘭に連れられ、着いた場所は、伊賀の里。そこで食料が盗まれる事件が起きる。犯人は才蔵で、それを知った蘭はある夜、才蔵に会い、彼がカバ丸の成長のために死んだことにし、東京に行かせたことを聞く。合宿を終えた学生たちは、王玉学園との勝負のため京都へ。そこで、麻衣に想いをよせる王玉学園理事長の息子前島秀のボディガード帆立暴力団黒卍組の一行は、「坊ちゃまのため」と麻衣を誘拐する。急いで追うカバ丸、いつしか彼らは、京都太泰映画村に紛れ込み、沈寝、疾風も一緒になって麻衣を救出した。そして王玉と金玉の勝負の決着として双方の代表者の近代五種競技で競うことになった。カバ丸と疾風の勝負が始まった。互角の戦いの末、勝配はカバ丸にあがった。そこに死んだはずの才蔵が現われ、カバ丸と疾風に伊賀に帰って修業のしなおしを告げる。