秋田の高校生の森田芽衣子は、好条件すぎる天宮女学院の編入生に選ばれ、東京で寮生活に。寮は漫画喫茶でもあり、奉仕活動として働くことに。

店の経営者で寮長でお嬢様な天宮梨絵、動画配信者の鈴木万里花、ガチゲーマーの中埜音緒。

そんな寮生たちとの、一畳間まんきつ暮らしが始まった！ でも芽衣子が編入できたのは、新人漫画家「もりためいこ」と誤解されたからで……。

音緒と買い出しに出かけたり、みんなで店の新メニューを考えたり、漫画喫茶暮らしに少しずつ慣れてゆく芽衣子。
そんなある日、梨絵の母親で天宮女学院の理事長である、天宮梢が店を訪れる。
そして梢は告げる、このままでは閉店だと。
なんと店は、梨絵の放漫経営により大赤字だと判明。芽衣子たちは急遽、経営状況の改善に取り組むが……！？

音緒とゾンビゲームをしたり、万里花と配信する動画を撮影したり、みんなと楽しい日々を過ごす芽衣子。
そんなある日、同じビルの猫カフェで働いている猫大好き少女、成海みちかが店に乗り込んできた。
みちかは、梨絵が強行した店舗拡張のせいで、猫カフェが狭くなったと怒っていて……。
漫画喫茶と猫カフェの、異業種対決が始まる……！？

夏真っ盛り、漫画喫茶の客入りは上々でご機嫌の芽衣子たち。

だけど不意のエアコンの故障で、やむをえず休業するはめに。せっかく経営が順調だったのにとガッカリの梨絵を、梢は励ます。

そしてエアコンが直るまでどこで暮らそうかと困る芽衣子たちに、梢はグアムの別荘を勧める。

芽衣子たちはみちかも連れて、いきなりの南国リゾートに出発する！

先日のグアム旅行に思いをはせて、気のゆるむ芽衣子。
だけど期末テストは赤点で、追試決定。
追試仲間の万里花、音緒と共に、実は成績の良い梨絵の指導と、みちかまで巻き込んでの猛勉強。
そして迎えた夏休み、万里花と音緒は帰省する。
なんとか補習を乗り越えた芽衣子も、水織たち弟妹の待つ実家に帰省しようとするけれど、一人で店に残る梨絵が気になって……。

夏休みもあと少し。
芽衣子がパンツを失くしてノーパンのまま店内をうろついたりもしたけれど、帰省していた音緒と万里花も戻り、店はすっかりいつもの調子に。
ずっと店に住んでいる客がいると気がつき、芽衣子たちは身分確認に向かう。
その客は歴史漫画に興奮して、武士のような口調で、素性をごまかしたがる怪しい女性で……はたしてその正体は！？

二学期が始まっても、芽衣子たちは相変わらずな日々。
みちかもすずも、すっかり店の常連に。高校ではラノベ談義をしたり、席替えしたり、部室でゲームやきわどい同人誌で盛り上がったり。
堕落しきった生活の万里花は、動画配信中の腰痛でパンツ丸出し。
みんなで体質改善に協力したり。音緒はゲーム大会に向けて猛練習したり。
みんなのまんきつ暮らしは続く……！

季節は秋。天宮女学院の大運動会が始まった。
芽衣子はのんきに楽しもうとするけれど、お嬢様学校は規模が違った。
理事長代理である梨絵の主導による、札束が舞い、高額小道具の並ぶ、お金をかけまくった競技の数々。
体操着はブルマ。そして優勝賞品は和牛一頭。
和牛を実家の弟妹たちに食べさせるため、芽衣子は優勝をめざす……！

店の倉庫整理をしていた芽衣子たちは、プリントシール機を見つけ、みんなで写真を撮ることに。
万里花は封印していた黒歴史の品を見つけ、密かに始末しようとする。
そんな彼女に何者かが迫り……。
芽衣子、梨絵、音緒、みちか、すずはそれぞれの特技を生かし、協力してさらわれた万里花の行方を追う。
はたして犯人の正体は、その目的は……！？

クリスマスを店で一緒に過ごし、この縁を嬉しく思う芽衣子たち。
そして年末、芽衣子は梨絵を連れて帰省することに。
いまだに梨絵は芽衣子を漫画家の「もりためいこ」だと思っていて、芽衣子の生家を見たいのだという。
誤解が解けていないままだったと思い出し、大いに焦る芽衣子。
ともかく隠し通そうと、梨絵と水織の会話を邪魔しようとするが……！？