そんなに頻繁に出てきますかね? もちろん作品によるのでしょうが、少なくとも私が普段見ている作品ではそこまで目にする印象はありません。これは単純に視聴しているコンテンツの違いかもしれません。
ただ、仮にあなたの言う通り、若いキャラクターの性的描写が主流作品にも存在するとしましょう。
その上で私が同意できないのは、そこから「日本社会には小児性愛を容認する風潮がある」という結論に飛躍している点です。
まず法律の話をするなら、日本では現実の児童に対する性的虐待や搾取は犯罪であり、社会的にも強く非難されています。社会が何を許容しているかを判断するのであれば、まず見るべきは現実の子どもたちがどのように扱われているかであって、フィクションにどのような表現が存在するかだけではないでしょう。
次に、多くの人はフィクションと現実を区別しています。人々はフィクションの中で、現実では決して認めないものを数多く楽しんでいます。暴力映画を好む人が殺人を望んでいるとは限りませんし、犯罪映画を好む人が犯罪を支持しているわけでもありません。フィクションへの興味と現実での願望や行動は、必ずしも一致しません。これは日本に限った話ではなく、海外でも一般的に受け入れられている考え方だと思います。
だから私には少し不思議なのです。暴力や犯罪については「フィクションと現実は別」と考える人が多いのに、性的な表現、とりわけ日本のオタク文化に関する話題になると、突然「フィクション上の嗜好は現実の欲望そのものだ」と扱われることがあります。
もちろん特定の表現を不快に感じたり批判したりする自由はあります。しかし、「そうした表現が存在する」ことと、「社会が現実の児童への性的関心を容認している」ことの間には、大きな飛躍があるように思います。
私にはむしろ、多くの日本人が性表現についても暴力表現と同じく「フィクションはフィクション」と考えているように見えます。そのため、なぜ性表現だけが特別扱いされ、フィクションと現実を切り離して考えるという原則が適用されなくなるのか、そこがよく理解できません。