新幹線変形ロボ シンカリオン THE ANIMATIONのあらすじ
「黒い粒子」の力は、仲間同士が協力するエネルギーを増幅させることだった。だが、ブラックシンカリオンオーガは、その力を使ったハヤトたちの攻撃をもはねのけてしまう。全てのシンカリオンを撃退し、東京へ向かうキリン。もはや彼を止められるシンカリオンは残っていない…。しかし、ハヤトは諦めていなかった！ ブラックシンカリオンオーガを追撃するため、みんなの未来をつなぐため、シンカリオン最後の出発進行！
キリンが操るブラックシンカリオンオーガをとらえ、転送によって名古屋に戻ってきたハヤトたち。リュウジやタツミも合流し、キリンとの決着をつけるために畳み掛ける！ しかし、ブラックシンカリオンオーガは秘められた力を解放し、最終形態に変形。全てのシンカリオンのデータを集めて作られた究極の敵を前に、ハヤトたちは手も足も出ない。その頃、超進化研究所では「黒い粒子」に関する不思議なデータを発見していた。
ブラックシンカリオンオーガを道連れに、地底世界へと戻っていったセイリュウのブラックシンカリオン。セイリュウは自分一人でキリンとの決着をつけるべく、地底世界とヒトの世界をつなぐ桜島の洞窟を破壊してしまった。さらに、新宿の大事件を受けて、超進化研究所にシンカリオン出動禁止の命令が出されてしまう。このままではセイリュウを助けに行くことはおろか、シンカリオンに乗ることすらできない状況で…？
キリンに協力していたのはイズモ、ヤクモがいるクラシキ重工だった。彼らの仲間になるかどうか明日までに決めるようにとハヤトに告げ、キリンは姿を消してしまう。イズモがキリンと手を組んだのは、キトラルザスの技術を使って、日本の全区間を新幹線化する計画を進めるためだという。その先に待っているのは、都市と地方、街と街の間に差がない未来だと力説するイズモ。日本の未来は、ハヤトの返答に託された…！
無駄な争いを避けるため、ハヤトたちを仲間にしたいと言い残し、ブラックシンカリオンオーガとともに去って行った、キトラルザスのエージェント・キリン。謎だらけの存在である彼の思惑をつかむべく、ハヤトたちはスザクに話を聞く。その時、倉敷ヤクモの研究ビルを訪問している上田アズサから、自撮りのメッセージが届く。楽しげなその写真には、アズサ、ヤクモたちとともにキリンが写っていた！
